وبدأت الخلافات في التنظيم بسبب المواقف حيال الانقلاب، وتفجرت بعد إعلان رئيس الحركة مالك عقار، الاثنين، تبرؤه من مشاركة قادة من الحركة في اجتماعات المجلس المركزي لائتلاف الحرية والتغيير
وفي خواتيم الاسبوع الماضي مضى عقار في خطواته التصعيدية ضد المجموعة التي يتزعمها نائبه ياسر عرمان، حيث أرسل خطابا رسميًا إلى الحرية والتغيير، دعاها لعدم التعامل مع أي ممثل للحركة إلا بعد الرجوع إليه مؤكدا أنه لم يسم شخصا لتمثيل الحركة في التحالف.
وطالبت فرعية الحركة بشمال دارفور، في بيان تلقته “سودان تربيون”، الخميس؛ بـ “عقد مؤتمر طارئ وعاجل لترميم الأوضاع المزرية للتنظيم”
وأضاف البيان، المذيل بتوقيع رئيس الفرعية دوده آدم والسكرتير العام في الولاية عيسى الحاج محمد؛ إن “الوضع أصبح لا يقبل المداهنات الضبابية”
وظل مالك عقار يقلل من الاحتجاجات السلمية المطالبة بالديمقراطية، وقال في يونيو 2022 إنه لا يسمها ثورة وإنما إرهاب ضد الدولة، ما اعتبره كثيرون تحريضا لقوى الأمن والشرطة ضد المتظاهرين.
وعارض نائب رئيس الحركة ياسر عرمان، الذي ينخرط وقادة آخرين في الحرية والتغيير، الانقلاب العسكري منذ يومه الأول وأكد وقوفهم ضده، فيما فضل عقار تقاسم السلطة مع قادة الانقلاب بذريعة تنفيذ اتفاق السلام.
وتوسعت الخلافات داخل التنظيم بعد اشتعال حرب بيانات التأييد والرفض لموقف مالك عقار حيث وقفت ضده فرعيات الخرطوم والجزيرة وشمال كردفان ونهر النيل ووسط دارفور، فيما أيدته فرعية جنوب كردفان ــ جبال النوبة وقائد قوات الجبهة الثالثة ــ مشاة التابعة للحركة اللواء صديق المنسي باسل.